Le déclin de Pise a commencé dans la seconde moitié du XIIIe siècle, avec la fin de la dynastie souabe: la ville, solide tradition gibeline et a toujours pris parti pour l’Empire, avec la mort de Frédéric II a perdu son meilleur allié.
Et donc il était en proie à l’hostilité de la papauté et les rivaux historiques, d’abord de Lucca, Florence et Gênes.
Il sera d’infliger un coup décisif, détruisant sa flotte à la bataille de Meloria (1284).
Pise a donc perdu sa suprématie commerciale et ses domaines, a également vu l’escalade des luttes de factions internes, marquées par des coups et des représailles féroces: l’une des figures emblématiques de cette période a été le comte Ugolino della Gherardesca, le protagoniste de l’une des plus chants tragiques de l’Enfer de Dante.
L’instabilité politique a donné de la ville, la première règle des Visconti, puis de 1406, après un long siège, à Florence.